А тебе обязательно msi пакет?
Есть замечательный бесплатный инсталлятор с открытым исходным кодом. его используют разработчики winamp и не только. Естественно к нему есть подробная документация.
_http://nsis.sourceforge.net/
"Hey guys, I just used NSIS to create an MSI installer for my own project. It's a bit manual process but the end result is worth it. Has anyone else used it for creating MSI packages?"